张华敏 所长 研究员，医学博士、博士后，博士研究生导师，现为中国中医科学院中医基础理论研究所党委副书记、所长。国家中医药管理局高水平重点学科本草学学科带头人，《中华医藏》编纂项目工作组专家，兼任中国中医药信息研究会名医学术传承信息化专业委员会副主任委员；世界中医药学会联合会中药新药创制专业委员会副主任委员。负责中医基础理论研究所行政全面工作。分管财务处、中医门诊部（培训中心）；分管诊法与证候研究室、病证研究中心、中医药防治病毒性疾病基础研究中心。

马燕冬 党委书记 教授，医学博士，硕士研究生导师，现任中国中医科学院中医基础理论研究所党委书记，负责中医基础理论研究所党委全面工作。分管党委办公室、人事处，老干部、工会工作；分管方法论研究室、经典与学术流派研究室、生物医学工程技术中心。

徐世杰 纪委书记 研究员，博士研究生学历，博士研究生导师。现任中国中医科学院中医基础理论研究所纪委书记，负责纪检监察、审计工作。分管纪检监察审计室；分管藏象研究室、病因病机研究室、杂志社编辑部。

刘丽梅 副所长 研究员，理学学士，硕士研究生导师。现任中国中医科学院中医基础理论研究所副所长，负责日常行政、综合治理、保密、安全、外事工作。分管所办公室、资产管理处；分管方证研究中心、中医基础实验研究中心、实验动物中心。

赵宇平 副所长 研究员，医学博士，博士后，博士研究生导师，现任中国中医科学院中医基础理论研究所副所长。中国中西医结合学会智慧医疗专业委员会常务委员，中国中西医结合学会青年工作委员会常务委员。负责中医基础理论研究所科研、教育、宣传工作。分管科研教育处、宣传工作;分管治则治法与养生研究室、中医药技术装备研究中心、中医药转化中心。