系统研究中医学的病因、发病与病机理论，界定病因病机基本概念的内涵及逻辑关系，形成分类明确、层级清晰的病因病机理论关系图谱，深入临床常见病、疑难病，以及突发性重大传染性疾病诊疗中中医病因病机理论的发展、创新方法等研究，探索确有临床疗效指导意义的病因病机新概念、新观点、新理论，丰富和发展中医病因病机理论。

病因病机研究室成立于2003年，第一任科室主任：潘桂娟研究员，副主任：魏雅川研究员；第二任科室主任：于智敏研究员；第三任科室主任：卢红蓉研究员。

现科室共有人员5名：卢红蓉、于智敏、贾海骅、李海玉、张逸雯。其中于智敏研究员为中医科学院首批中医药专家王永炎院士学术思想传承博士后、第七批全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师，贾海骅研究员、李海玉研究员为沈氏女科第二十代主要传承人，李海玉研究员为国医大师陆广莘学术思想传承人。

研究方向：

1、中医理论重要概念内涵诠释研究；

2、以临床问题为导向的中医病因病机理论研究；

3、中医健康医学理论及慢病防控管理体系研究。