本室成立于2010年7月，现有固定编制人员6名，主任为陈曦研究员，副主任为黄玉燕副研究员。本所首席专家潘桂娟研究员为学术指导专家，带领和组织本室人员完成多项国家重点科研项目研究。本室承担国家中医药管理局“中医学理论体系结构与内涵”重点研究室日常运行和组织服务工作。

主要研究方向：

1、以《黄帝内经》为核心的经典理论诠释与应用创新研究；

2、古今代表性医家及学术流派的理论精华传承研究；

3、中医学理论体系框架结构与主要内涵研究。

科学研究现状：

既往在潘桂娟研究员指导和组织下，承担并完成国家973计划项目与课题、传染病防治科技重大专项课题、科技部基础性工作专项课题等多项国家级科研项目的重点研究任务。

由本室人员主持国家社会科学基金项目、中国博士后基金项目、国家中医药管理局项目、北京市中医管理局项目、文旅部国家“非物质文化遗产”保护项目（共同主持）等5项部局级以上课题，及中国中医科学院科技创新工程重大攻关项目等21项院、所级课题。

科研成果：

作为第一作者或通讯作者累计发表论文87篇，取得软件著作权3项，主编著作17部、参编著作9部。主编出版著作有：《<黄帝内经>气化理论研究》《中医历代名家学术研究集成》《任应秋临证心验》（合作主编）、《中医学理论专论集成·中医基础理论》（合作主编）、《中医学理论专论集成·中药方剂理论》（合作主编），以及“中医历代名家学术研究丛书”之张仲景、张志聪、薛雪、赵学敏、陆懋修、唐容川、何廉臣，及曹颖甫（合作主编）8个分册等。

科研奖励：

作为第一完成人，获2021年度中国中医科学院科学技术奖二等奖1项，获第二届《环球中医药》优秀论文三等奖1项。

发展目标：

以深化“中医学理论体系框架结构与主要内涵”研究为总体目标，以中医经典理论与各家学说深入疏理为重要支撑，进一步夯实基础、传承精华、守正创新，不断凝练研究成果，多出精品力作；凝聚人才，加强合作，全面提升科室的学术水平和研究实力。